Pierwotna marskość żółciowa związana z wariantami HLA, IL12A i IL12RB2 czesc 4

Struktura blokowa haplotypu została zdefiniowana zgodnie z kryteriami ustalonymi przez Gabriela i wsp. 20 oraz parami oszacowań znormalizowanego współczynnika nierównowagi Lewontina (D ), natomiast brak równowagi wiązania pomiędzy parami SNP scharakteryzowano zgodnie z kwadratem współczynnika korelacji (r2). ). Połączone analizy przeprowadzono za pomocą testów Cochrana-Mantela-Haenszela i oprogramowania SAS, z korektą dotyczącą potencjalnego zakłócenia przypadku lub częstotliwości kontrolnej z częstością genotypów wśród grup podmiotów zgodnie z etapem analizy lub centrum. Dodatkowe analizy opisano w Dodatku uzupełniającym.
Wyniki
Analiza Asocjacji Genomewide (Etap 1)
Tabela 1. Tabela 1. Wyniki analiz Asocjacji Genomewide (Etap 1) i Replikacji (Etap 2). Rysunek 2. Rysunek 2. Wyniki analizy asocjacji Genomewide. Oś y przedstawia poziom istotności (z metody EIGENSTRAT) dla każdego polimorfizmu pojedynczego nukleotydu na każdym chromosomie wzdłuż osi x. Kropkowana linia wskazuje próg istotności asocjacji genomu. 21 Wartości P zostały skorygowane w EIGENSTRAT dla 10 wektorów własnych o najwyższych wartościach własnych. HLA-DQB1 oznacza gen kodujący główny łańcuch zgodności tkankowej klasy II DQ . łańcuch 1, IL12A gen kodujący interleukinę-12., IL12RB2 gen kodujący receptor .2 interleukiny-12, a STAT4 gen kodujący przetwornik sygnału i aktywator transkrypcji 4.
Rycina 3. Rycina 3. Wyniki analiz asocjacyjnych i blokadowo-disequilibrium dla loci IL12A i IL12RB2. Dane przedstawiono dla locus IL12A (kodującego interleukinę-12.) (panel A) i locus IL12RB2 (kodujący locus interleukiny-12 .2) (panel B). Wyniki analizy chi-kwadrat przedstawiono na górnych poletkach. Pod działkami pokazano organizację docelowych genów i otaczających loci u ludzi (nie w dokładnej skali). U dołu, struktura blokowa haplotypu jest przedstawiona dla 25 genotypowanych SNP w locus IL12A (Panel A) i 30 genotypowanych SNP w locus IL12RB2 (Panel B). Struktura blokowa opiera się na kryteriach ustalonych przez Gabriela i wsp., 20 za pomocą parami estymacji standaryzowanego współczynnika równowagi Lewontina (D ), natomiast brak równowagi pomiędzy parami SNP scharakteryzowano na podstawie kwadratu korelacji. współczynnik (r2). Regiony o wysokich wartościach r2 są ciemnoszare, a regiony o niższych wartościach r2 są jaśniejsze szare (tj. Odcień rozjaśnia się ze zmniejszającymi się wartościami r2).
Najważniejsze wyniki badania stowarzyszenia genomewidu na etapie przedstawiono w Tabeli oraz na Rysunku 2 i Rysunku 3. (Pełny zestaw jest dostępny z bazy danych genotypów i fenotypów [dbGaP]; www.ncbi.nlm.nih.gov/ sites / entrez. db = gap, numer dostępu phs000183.v1.p1). Wyniki pierwszego etapu są oparte na analizie SNP, które wyniosły 305,724, które przekazały standardy kontroli jakości i 505 pacjentom z pierwotną marskością żółciową i 1507 kontrolnym, którzy zostali zatrzymani po analizie parzystej tożsamości i korekcji w przypadku stratyfikacji populacji.
Trzynaście SNP w regionie HLA na chromosomie 6p21.3 i trzy SNP z dwóch różnych regionów nie-HLA w locus IL12A, które kodują interleukinę-12. (3q25.33-q26) i locus IL12RB2, który koduje receptor interleukiny-12 .2 (1p31,2), osiągnął próg istotności dla związku genomewidu P <5,0 × 10-7 (obliczony metodą EIGENSTRAT) [więcej w: psychiatra poznań, wypełnienie kompozytowe cena, skierowanie na zabiegi fizjoterapeutyczne ]

Powiązane tematy z artykułem: skierowanie na zabiegi fizjoterapeutyczne usg narządu ruchu wypełnienie kompozytowe cena