Pierwotna marskość żółciowa związana z wariantami HLA, IL12A i IL12RB2 ad 5

Najbardziej znaczące markery według metody EIGENSTRAT – rs2856683, rs9275312, rs9275390 i rs7775228 – mapują region pomiędzy genem HLA-DQB1 kodującym główny kompleks zgodności tkankowej (MHC) klasy II, łańcuch DQ . i HLA – gen DQA2, który koduje MHC klasy II, łańcuch DQ . 2. Wartości P z analizy PLINK dla tych asocjacji wynosiły od 1,70 × 10-10 do 8,58 × 10-17, z ilorazami szans dla pacjentów w porównaniu z kontrolami od 1,81 do 2,01. Wysoce znaczące sygnały asocjacyjne (zgodnie z analizą PLINK) pokazano również dla dziewięciu innych SNP mapujących w lub blisko genów w regionie HLA: C6orf10, który koduje otwartą ramkę odczytu chromosomu 6 10 (P = 5,62 x 10-10); HLA-DPB1, który koduje łańcuch MHC klasy II, łańcuch DP . (P = 8,28 x 10-9); BTNL2, który koduje butylilofilopodobne 2 (P = 1,27 x 10-9); i HLA-DRA, który koduje łańcuch MHC klasy II, DR . (P = 6,83 x 10-7). Locus C6orf10 miał najsilniejszy związek z ryzykiem pierwotnej marskości żółciowej (iloraz szans, 3,24). Analiza haplotypów ujawniła jednak, że 4 z 13 SNP (rs2395148, rs3135363, rs2856683 i rs9357152 [w genach C6orf10, BTNL2, HLA-DQB1 i HLA-DQB1, odpowiednio]) stanowiły wszystkie związane z HLA ryzyko dla pierwotna marskość żółciowa (Tabela w dodatkowym dodatku). Podobne poziomy asocjacji stwierdzono w oddzielnej analizie danych o genomewidzie tylko z kontrolnych kanadyjskich (tabela 2 w dodatkowym dodatku). Spośród loci nie będących HLA, najsilniejsze sygnały asocjacji z pierwotną marskością żółciową stwierdzono w przypadku dwóch SNP w locus IL12A, rs6441286 (P = 3,25 × 10-8, iloraz szans dla pacjentów vs kontroli, 1,51) i rs574808 (P = 5,34 × 10-7, iloraz szans, 1,47) i jeden SNP w locus IL12RB2, rs3790567 (P = 8,60 x 10-8, iloraz szans, 1,54). Znaczący związek z chorobą obserwowano również w przypadku drugiego SNP regionu IL12RB2, rs3790565 (P = 1,41 x 10-6).
Zidentyfikowano 12 innych loci nie będących HLA z sygnałami asocjacyjnymi na poziomie istotności P <5,0 × 10-5. Obejmowały one STAT4, który koduje przetwornik sygnału i aktywator transkrypcji 4 (rs16833239, P = 2,60 x 10-5), miejsce związane z ryzykiem kilku innych chorób autoimmunologicznych i dalszy biologiczny mediator sygnalizacji 22 interleukiny; CTLA4 (rs6748358, P = 1,41 × 10-5), locus wcześniej związane z ryzykiem pierwotnej marskości żółciowej4,4,15; oraz locus IRF5-TNPO3 (odpowiednio kodujący czynnik regulujący interferon 5 i transportinę 3) (rs10488631) (P = 2,14 x 10-5), co jest związane z ryzykiem tocznia rumieniowatego układowego23 i choroby zapalnej jelit.24 Te 12 loci były bardziej skromnie związane z pierwotną marskością żółciową niż loci IL12A i IL12RB2, ale związki z ryzykiem choroby były podobne, przy ilorazach szans dla pacjentów w porównaniu z kontrolami w zakresie od 1,38 do 2,13.
Niezależna replikacja (etap 2) i analiza połączona
Zbadaliśmy związek między chorobą a 16 najsilniej związanymi SNP z analizy w stadium 1, używając dwóch niezależnie zebranych zestawów próbek kontrolujących przypadki od podmiotów w Stanach Zjednoczonych (analiza etapu 2a) i Kanady (analiza etapu 2b)
[hasła pokrewne: teoria humoralna, chlorella właściwości, poradnia szajnochy ]

Powiązane tematy z artykułem: chlorella właściwości poradnia szajnochy teoria humoralna