Pierwotna marskość żółciowa związana z wariantami HLA, IL12A i IL12RB2 ad 7

Nie zaobserwowano znaczących związków z SNP IL23R. Chociaż związek między pierwotną marskością żółciową a SNP rs16833239 w STAT4 nie był replikowany, w połączonej analizie związek był znaczący (P = 4,67 x 10-5, iloraz szans dla pacjentów vs. kontrole, 1,65), co można uznać za szczególnie istotne dla skojarzeń ze znacznikami, w których bierze udział IL12A i IL12RB2. W związku z tym przeprowadziliśmy dodatkowe genotypowanie SNP w locus STAT4 94,6 kb, znajdując skromne powiązania między chorobą a kilkoma intronowymi SNP. SNP w intronie 3, rs3024921, wykazało znaczące powiązanie (P = 5,76 x 10-8) w połączonym zbiorze danych (tabele 6 i 9 w dodatkowym dodatku). Continue reading „Pierwotna marskość żółciowa związana z wariantami HLA, IL12A i IL12RB2 ad 7”

Pierwotna marskość żółciowa związana z wariantami HLA, IL12A i IL12RB2 ad 6

Znaleźliśmy replikację asocjacji (P <0,05 z analizy PLINK w każdej kohortie replikacyjnej i P <0,05 z poprawką Bonferroniego w analizie wspólnej replikacji obu kohort) z SNPs rs2856683, rs2395148 i rs9277535 w trzech odrębnych miejscach w obrębie Region HLA, jak również SNPs rs6441286-rs574808 i rs3790567 odpowiednio w loci IL12A i IL12RB2. Połączona analiza powiązań genomewidu i zestawów danych dotyczących replikacji (z etapów i 2) dostarczyła również mocnych dowodów (za pomocą testu Cochrana-Mantela-Haenszela) na związek między pierwotną marskością żółciową a loci HLA-DQB1 (P = 1,78 × 10-19, iloraz szans dla pacjentów vs. kontrole, 1,75), C6orf10 (P = 3,62 × 10-14, iloraz szans, 2,87), HLA-DPB1 (P = 3,92 × 10-11, iloraz szans, 1,50) , BTNL2 (P = 1,11 x 10-9, iloraz szans, 1,42), IL12A (P = 2,42 x 10-14, iloraz szans, 1,54) i IL12RB2 (P = 2,76 x 10-11, iloraz szans, 1,51). Nie znaleźliśmy istotnego wpływu statusu antymitochondrialnego przeciwciała na te powiązania (Tabela 3 w Dodatku Uzupełniającym). Ponadto, znaleźliśmy zwiększone ryzyko w związku ze wzrostem liczby kopii alleli ryzyka dla loci IL12A i IL12RB2 (Tabele 4 i 5 w Dodatku Uzupełniającym). Continue reading „Pierwotna marskość żółciowa związana z wariantami HLA, IL12A i IL12RB2 ad 6”

Pierwotna marskość żółciowa związana z wariantami HLA, IL12A i IL12RB2 ad 5

Najbardziej znaczące markery według metody EIGENSTRAT – rs2856683, rs9275312, rs9275390 i rs7775228 – mapują region pomiędzy genem HLA-DQB1 kodującym główny kompleks zgodności tkankowej (MHC) klasy II, łańcuch DQ . i HLA – gen DQA2, który koduje MHC klasy II, łańcuch DQ . 2. Wartości P z analizy PLINK dla tych asocjacji wynosiły od 1,70 × 10-10 do 8,58 × 10-17, z ilorazami szans dla pacjentów w porównaniu z kontrolami od 1,81 do 2,01. Wysoce znaczące sygnały asocjacyjne (zgodnie z analizą PLINK) pokazano również dla dziewięciu innych SNP mapujących w lub blisko genów w regionie HLA: C6orf10, który koduje otwartą ramkę odczytu chromosomu 6 10 (P = 5,62 x 10-10); HLA-DPB1, który koduje łańcuch MHC klasy II, łańcuch DP . Continue reading „Pierwotna marskość żółciowa związana z wariantami HLA, IL12A i IL12RB2 ad 5”

Pierwotna marskość żółciowa związana z wariantami HLA, IL12A i IL12RB2 czesc 4

Struktura blokowa haplotypu została zdefiniowana zgodnie z kryteriami ustalonymi przez Gabriela i wsp. 20 oraz parami oszacowań znormalizowanego współczynnika nierównowagi Lewontina (D ), natomiast brak równowagi wiązania pomiędzy parami SNP scharakteryzowano zgodnie z kwadratem współczynnika korelacji (r2). ). Połączone analizy przeprowadzono za pomocą testów Cochrana-Mantela-Haenszela i oprogramowania SAS, z korektą dotyczącą potencjalnego zakłócenia przypadku lub częstotliwości kontrolnej z częstością genotypów wśród grup podmiotów zgodnie z etapem analizy lub centrum. Dodatkowe analizy opisano w Dodatku uzupełniającym. Continue reading „Pierwotna marskość żółciowa związana z wariantami HLA, IL12A i IL12RB2 czesc 4”